Financement

Chaire d’excellence en recherche du Canada (CERC), Eco-Evo-Patho of microbes in nature ($8 000 000)

Ce programme vise à explorer l’origine, la propagation et l’évolution des gènes de résistance aux antimicrobiens dans les populations naturelles de bactéries. Nous utiliserons des bactéries pathogènes d’huîtres, les vibrios, comme système modèle. Nous bénéficions d’une collection unique de 1200 bactériophages et 600 hôtes bactériens, isolés et séquencés au cours de précédents projets, pour développer une approche intégrant l’observation sur le terrain et la génétique en laboratoire. Nous explorerons la diversité et l’évolution des mécanismes de résistance aux antibiotiques et métaux lourds. Nous chercherons à comprendre l’hétérogénéité de la taille du génome dans les populations naturelles de vibrios. Enfin, nous identifierons les bases génétiques, mécanistiques et évolutives des interactions phage-vibrio dans la nature.

Le projet philanthropique, financé à hauteur de CAD$1 500 000.

Ils soutient une entreprise ambitieuse qui s’appuie sur des technologies de pointe et des méthodes d’intelligence artificielle (IA) de l’Université de Montréal (UdeM), en collaboration avec la Faculté de médecine de l’UdeM et l’Institut Pasteur. Cette initiative internationale propose des solutions de pointe pour relever les défis de la résistance aux antimicrobiens (RAM) en formant la prochaine génération de scientifiques, en développant de nouveaux antibiotiques et en explorant des approches alternatives telles que la thérapie par bactériophage. La stratégie comporte deux axes principaux pour améliorer les taux de réussite. Premièrement, des méthodes de criblage avancées analysent rapidement les composés chimiques, un peu comme si l’on procédait à une « autopsie bactérienne », afin d’identifier les propriétés capables de combattre les bactéries AMR. Ces informations permettent à un modèle d’intelligence artificielle de prédire rapidement les antibiotiques potentiels, ce qui accélère la découverte de médicaments cruciaux au-delà des méthodes conventionnelles. Parallèlement, le projet étudie les facteurs qui renforcent l’efficacité des bactériophages contre les agents pathogènes, ce qui est essentiel pour les déployer en tant que nouvelle arme contre la résistance aux antimicrobiens et alléger le fardeau des systèmes de soins de santé. L’intégration de ces approches vise à identifier des composés augmentant l’efficacité des bactériophages contre les agents pathogènes de la résistance aux antimicrobiens, offrant ainsi une solution globale pour combattre la résistance aux antimicrobiens.

Fondation Canadienne pour l’innovation (FCI) Fonds des leaders John-R.-Evans, Eco-Evo-Patho of microbes in nature, $200 001 (budget total de $516 467)

L’objectif de ce programme de recherche est d’explorer comment les phages contrôlent des bactéries pathogènes dans la nature et d’estimer s’il est possible de les utiliser comme outils thérapeutiques. Le travail proposé est innovant car il combine l’écologie et l’évolution microbienne, l’infectiologie, la génétique des phages et des bactéries pour explorer en “temps réel” l’évolution de ces microbes. Pour réaliser ce programme de recherche, la FCI permettra le financement 1) d’un système de quantification par PCR numérique en gouttelettes (ddPCR) qui permet une évaluation extrêmement sensible de l’ADN et de l’ARN dans des échantillons environnementaux rares ; 2) un ensemble d’équipements essentiels aux expérimentations sur des milliers de micro-organismes isolés de l’environnement.

Projet IVADO (CAD$100 000)

Notre objectif est d’élucider les mécanismes de coévolution en examinant les défenses bactériennes, en quantifiant les interactions entre les infections et en analysant les génomes accessoires des phages. Grâce à cette approche, nous souhaitons découvrir un large éventail de systèmes anti-défense employés par les phages. Grâce au financement de l’IVADO, nous synthétiserons plus de 200 systèmes anti-défense putatifs et évaluerons leur fonctionnalité dans des contextes dépendants et indépendants des phages. Ce projet de recherche contribuera de manière significative à notre compréhension des interactions hôte-phage et de l’évolution des mécanismes de défense.